熒光定量PCR儀是由熒光定量系統和計算機組成，用來監測循環過程的熒光的產品，與實時設備相連的計算機收集熒光數據。數據通過開發的實時分析軟件以圖表的形式顯示。原始數據被繪制成熒光強度相對于循環數的圖表。
原始數據收集后可以開始分析。實時設備的軟件能使收集到的數據進行正常化處理來彌補背景熒光的差異。正常化后可以設定域值水平，這就是分析熒光數據的水平。
為保證熒光定量PCR儀的有效運行、控制系統誤差、減少偶然誤差，使結果準確、可靠，使用過程中請檢驗實驗室工作人員仔細閱讀。
儀器的保養及維護：
1、儀器表面清潔，儀器的表面應定期用軟布加少量清水擦洗，清洗后將儀器擦干。若有試劑泄漏在儀器表面，應用軟布加70%酒精擦拭干凈。
2、反應孔清潔，反應孔沾染灰塵或雜質后，會影響PCR擴增和熒光檢測，因此要定期清潔，一般3個月一次，可用吹氣球輕輕吹拭。為了防止灰塵進入反應孔，儀器不使用時，必須關閉滑蓋。
清潔熒光定量PCR儀前必須關閉電源，并拔掉電源線。不要將液體傾倒在反應模塊中或者儀器內部。不能用強腐蝕性溶劑或者有機溶劑擦洗儀器。
3、保護儀器
不要頻繁開關儀器，兩次開關間隔時間不得低于30秒。實驗結束后不要立即關閉電源，保持待機狀態10分鐘后（此時儀器內部風扇仍在持續工作），待模塊溫度降至室溫再關閉電源。
4、過熱保護
熒光定量PCR儀的加熱系統設有過熱保護裝置，當加熱系統發生故障，溫度值超過允許范圍的上*，保護裝置會自動斷開，并不可恢復；此時，加熱系統無法繼續正常升降溫。
